Het bestuur van de stichting bestaat uit mensen van verschillende etnische oorsprong. Ze komen zowel uit Ghana, Suriname als Nederland en hebben werkervaring op het gebied van integratie, armoedebestrijding, opzetten van projecten in derde wereldlanden:

Stichtingsbestuur
• Directeur, George Duncan, komt uit de ICT branche en heeft daarnaast een ruime ervaring op het gebied van netwerken, ontwikkelingssamenwerking en speelt een belangrijke rol als intermediair tussen Noord en Zuid. Naast zijn werk als directeur voor Sankofa adviseert hij ook andere organisaties op het gebied van migratie en ontwikkeling en vragen rond de Ghanese gemeenschap in Nederland. Hij treedt vaak op als deskundige en spreekt in projecten van medefinancieringsorganisaties als Novib, ICCO en Cordaid.
• De secretaris, Frieda Verwer, heeft jaren als projectmanager Integratie voor de gemeente Den Haag gewerkt en werkt daat momenteel als coordinator van de Ooievaarspas. Daarnaast  heeft zij een aantal jaren in Afrika gewoond en gewerkt.
• Het derde bestuurslid, Richard Quansah, heeft een ruime ervaring op het gebied van de organisatie van culturele manifestaties en workshops. Hij is nauw betrokken geweest bij de organisatie van het Afrika festival in Delft en heeft mede hierdoor ook een uitgebreid netwerk opgebouwd.

Raad van Toezicht

• Michiel Philipe Hillen
• Ingrid Sijlbing (voorzitter)
• Emmanuel Ocquaye Ebo Hammond

Activiteiten Bestuur en Raad van Toezicht:
1. De stichting kent de navolgende organen: een directie, een raad van toezicht  en een raad van advies.
2. De directie is belast met het besturen van de stichting.
3. De raad van toezicht is belast met het toezicht houden op het beleid van de  directie. De raad van toezicht staat de directie met raad terzijde.
4. De raad van advies adviseert de raad van toezicht gevraagd en ongevraagd  over het beleid en de strategie van de stichting.

Behalve de reguliere bestuursvergaderingen en de bijeenkomst met de Raad van Toezicht leveren bestuursleden en leden van de RVT op individuele basis een belangrijke bijdrage aan de ontwikkeling van Sankofa. Het bestuur is intensief betrokken geweest bij het proces van evaluaties en strategische planning en is op afroep beschikbaar voor
urgente beleidszaken. 
 
Vrijwilligersnetwerk
Naast de bestuursleden maakt Sankofa regelmatig gebruik van haar ruime vrijwilligersnetwerk. Dit vrijwilligersnetwerk bestaat voor een groot deel uit Nederlandse professionals met een hart voor Afrika. Vrijwilligers zijn onmisbaar voor een groeiende organisatie als Sankofa. In het afgelopen jaar hebben veertig vrijwilligers zich op zeer professionele wijze voor Sankofa ingezet. Zij hebben hun talenten en vaardigheden op verschillende gebieden gedoneerd. De activiteiten die door vrijwilligers zijn ondernomen zijn zeer divers. Een aantal vrijwilligers heeft projecten en projectverslagen vertaald. Anderen hebben zich ingezet op het gebied van fondsenwerving en voorlichting.

Partners in het Zuiden

Sankofa Aid, Ghana en Advisory Board
Naast  Sankofa Nederland heeft de stichting nog een zusterorganisatie (Sankofa Aid) in Ghana zelf. Het bestuur bestaat uit vertegenwoordigers van partnerorganisaties, mensen vanuit de zakenwereld, cultuur en onderwijs.
Uit een interne evaluatie in samenwerking met een externe deskundige kwam naar voren dat de combinatie van beïnvloeding en monitoring van het programma in één organisatie niet wenselijk is. Daardoor is de structuur gewijzigd als volgt:
• Sankofa Aid wordt een puur faciliterende organisatie voor management en evaluatie. Alleen onafhankelijke leden hebben zitting in het bestuur.
• De in te stellen Advisory Board wordt de entiteit waarin de programmering en bijsturing plaatsvindt. Vertegenwoordigers van partnerorganisaties hebben zitting in het bestuur. In de statuten van Sankofa wordt een formele rol van de advisory board opgenomen.

GAPNET  (Ghana Poultry Network)
Gapnet is sinds 2007 de vaste partner van Stichting Sankofa. We zijn begonnen met de pilot van Sankofa family Poultry en sinds 2008 hebben we samen een programma van drie jaar uitgevoerd in het zuiden van Ghana. Dit project werd ondersteund door Oxfam Novib.
Het doel van het Ghana Poultry Netwerk is het promoten van pluimvee ontwikkeling en het motiveren van de consumptie van eieren en pluimvee uit eigen land door het delen van kennis tussen pluimvee houders, NGO’s, deskundigen en consumenten om de levensstardaard van alle Ghanesen te bevorderen.

AFDOM (African Development Organisation  for Migration)
Afdom is een partner van Stichting Sankofa sinds 2009. We hebben samen een programma van 16 maanden uitgevoerd  in het noorden van Ghana. Dit project werd gefinancieerd door EU-UNDP (Joint Migration Development Initiative).
Afdom is een organisatie die voornamelijk werkt met jongeren uit de plattelands- en stedelijke gebieden in het Noorden van Ghana. Hun doel is het verminderen van illigale migratie, het promoten van landbouwpraktijken, bevorderen van eenheid, vrede, tolerantie en begrip onder de jongeren uit deze regio.